Enciklopedija:ITIS ir EOL integracija

    Puslapis iš Enciklopedijos Lietuvai ir Pasauliui (ELIP).
    Forumai
    Enciklopedijos naujienos
    ITIS ir EOL integracija

    ITIS ir EOL integracija


    Pradėta integruoti ITIS ir EOL.

    Taip pat tolesnė GBIF integracija.

    Turinys

    Temos antraštėAtsakymaiPaskutinis pakeitimas
    Informacijos įtraukimas tiesiai į straipsnį42014 m. rugpjūčio 14 d., 16:04
    Taksono nuorodos formavimas42014 m. rugpjūčio 12 d., 12:48
    Žemesnių taksonų (vaikų) parodymas22014 m. rugpjūčio 11 d., 11:02
    Sinonimų ištraukimas102014 m. rugpjūčio 11 d., 10:36
    Vaizdai sukaupti EOL02014 m. rugpjūčio 8 d., 17:24
    Literatūros sąrašo ištraukimas02014 m. rugpjūčio 8 d., 14:13
    Trumpos nuorodos į taksonominius medžius02014 m. rugpjūčio 8 d., 12:27
    Sąrašas taksonominių medžių, kuriuos jungia Gyvybės enciklopedija.02014 m. rugpjūčio 8 d., 11:34

    Informacijos įtraukimas tiesiai į straipsnį

    Problemos kai naudojami išoriniai šaltiniai

    Traukiant informaciją iš išorinių šaltinių GBIF bei EOL vebo servizų naudojant JSON ir iš karto tą informaciją rodant gali atsirasti problema, kai tie vebo servisai dėl išorinių svetainių neveikimo neveikia.

    Problemos informacijos pakoregavimui

    Dėl literatūros sąrašo taip pat jau esu minėję, kad naudojant vidinius ir išorinius resursus sunku užtikrinti informacijos pateikimo unikalumą. Kitais žodžiais kalbant straipsnyje rodoma perteklinė informacija, kurią norėtųsi pašalinti, o dinamiškai generuojant informaciją to užtikrinti neįmanoma.

    Problemos kai dažnai reikalinga viena ir ta pati informacija

    Kai pavyzdys COL, ITIS, GBIF bei EOL identifikatoriai kurie yra unikalūs atitinkamose taksonomijose ir reikalingi užtikrinti informacijos paieškos - susaistymo poreikiams, nes tam neužtenka lotyniškų pavadinimų, kurie gali būti neunikalūs.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 8 d., 17:12

    Pasiūlymas:

    COL, ITIS, GBIF bei EOL identifikatorius bandyti įtraukti tiesiai į konkrečius straipsnius. Kadangi jie dabar dažniausia traukiami iš įvairių šaltinių ir įvairiose vietose, tai tam pirmiausia reikia sukurti modulius, kurie atitinkamai ištrauktų atskirai kiekvieną iš šių identifikatorių.

    Reikia sukurti robotą, kuris atitinkamai pakeistu dabar esančius straipsnius.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 8 d., 17:18

    EOL identifikatorių būtina įtraukti tiesiai į pačius straipsnius, nes pasinaudoti JSON traukiant jį sąrašuose kiekvienam sąrašo elementui yra sugaištama daug laiko.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 12 d., 15:07
     

    Sukurtas modulis JSON/COL, kurio pagalba galima bus tiesiogiai į atitinkamą straipsnį įtraukti COL identifikatorių arba jų sąrašą, jei pagal lotynišką pavadinimą būtų surasta keletas.

    Tam užtektų papildyti straipsnių šabloną {{Auto taxobox|colid={{subst:#invoke:JSON/COL |getid|la=Alauda|subst=subst:}}}} parametru colid kaip parodyta "Alauda" atveju.

    Problema: dar neperžiūrėti visi moduliai, kurie ima iš {{Auto taxobox}} ir naudoja parametrą colid. Greičiausia buvo numatyta, kad šiame parametre yra tiktai vienas konkretus identifikatorius, todėl sąrašo atveju gali būti blogai.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 14 d., 16:03
     

    Šiandien pagavau momentą, kuomet vyksta EOL profilaktika ir todėl EOL vebo servisai neveikia, to pasekoje visa informacija kuri į ELIP buvo įjungta puslapiuose dinamiškai iš EOL, panaudojant vebo servizus dingo.

    Tai dar viena priežastis šiuos dinaminius įtraukimus į puslapius pakeisti įtraukiant informaciją tiesiai į straipsnius.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 14 d., 15:53
     

    Taksono nuorodos formavimas

    Redagavo autorius.
    Paskutinis pakeitimas: 2014 m. rugpjūčio 11 d., 12:24

    Kaip taksono nuoroda jau nuo Gyvosios gamtos enciklopedijos dažnai yra naudojamas šablonas {{Gref}} arba {{Grefv}}. Šie šablonai paprastai pagal pateiktą taksono lotynišką pavadinimą iš semantikos arba atitinkamų DB parodo ištrauktą taksono lietuvišką pavadinimą, taksono lotynišką pavadinimą, autorius bei sukūrimo metus, taip pat vėliau pateikia pagal įvairias taksonomijas šio taksono žemesnių taksonų skaičius bei išnašose nuorodas į tose taksonomijose esančius straipsnius.

    Dabar integruojant ITIS ir EOL buvo pataisytas šių šablonų naudojamas modulis Gref, kad būtų parodyta ITIS registruotų žemesnių taksonų skaičiai bei išnaša su nuoroda į taksoną aprašanti straipsnį ITIS.

    Pvz.:

    * {{Gref|Fungi}}
    
    * {{Grefv|Fungi}}
    

    Šaltiniai[taisyti]

    1. 1,0 1,1 Fungi arba Fungi. Globali biologinės įvairovės informacijos priemonė (GBĮIP). (angl. Global Biodiversity Information Facility (GBIF)). GBIF identifikatorius: 5
    2. 2,0 2,1 Fungi. Integruota taksonominė informacinė sistema (ITIS). (angl. Integrated Taxonomic Information System). ITIS identifikatorius: 555705
    3. 3,0 3,1 Fungi. Gyvybės enciklopedija (EOL). (angl. Encyclopedia of Life). EOL identifikatorius: 5559
    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 8 d., 16:25

    Problema: Integruojant su EOL nėra ELIP DB konkretaus taksono žemesnių taksonų skaičių. Jų neįmanoma sužinoti naudojant JSON vebo servizus. Galima būtų tiktai sužinoti tik tiesioginių žemesnių taksonų skaičių pagal kiekvieną taksonomiją įtrauktą į EOL.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 8 d., 16:44
     

    Problema: Pagal lotynišką taksono pavadinimą ne visada galima rasti vienintelį tikrą EOL registruotą taksoną. Tokiu atveju išnaša su nuoroda į EOL nebūtų rodoma, jei konkretus EOL identifikatorius nebūtų nurodomas pačiame straipsnyje aprašančiame tą lotynišką pavadinimą.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 8 d., 16:49
     

    Integruojant su EOL buvo pataisytas šių šablonų naudojamas modulis Gref, kad būtų parodyta išnaša su nuoroda į taksoną aprašanti straipsnį EOL, jei vienareikšmiškai nustatomas EOL identifikatorius arba EOL identifikatorius yra įrašytas į atitinkamą ELIP straipsnį.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 11 d., 12:26

    Kadangi, jei EOL identifikatorius nėra įrašytas į atitinkamą ELIP straipsnį modulyje Gref buvo padaryta, kad dinamiškai būtų traukiamas vienareikšmiškas EOL identifikatorius naudojant modulį JSON bei External Data su vebo serviso iškvietimu, tai puslapiuose, kur modulis Gref yra kviečiamas daug kartų, nes pavyzdžiui yra pateiktas žemesnių taksonų (vaikų) sąrašas, tai tokiame puslapyje External Data su vebo serviso iškvietimu yra panaudojamas daug kartų (tiek kartų kiek yra {{Gref}} iškvietimų. Tokie daugkartiniai External Data su vebo serviso iškvietimai labai stabdo puslapio turinio suformavimą.

    Ši funkcionalumą tenka panaikinti. Bus rodoma tik nuoroda į taksoną aprašantį straipsnį EOL tiktai jei EOL identifikatorius yra įrašytas į atitinkamą ELIP straipsnį.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 12 d., 12:48
     
     

    Žemesnių taksonų (vaikų) parodymas

    Jau iki integracijos su COL straipsniuose buvo naudojami skyreliai žemesnių taksonų (vaikų) išvardijimui "Tipai", "Skyriai", "Klasės", "Būriai", "Eilės", "Šeimos", "Gentys", "Rūšys" ir panašiai. Iki integracijos su COL šiuose skyreliuose buvo atskirose eilutėse surašomi visi žemesni taksonai naudojant šabloną {{Gref}} arba {{Grefv}}. Taip pateiktą žemesnių taksonų sąrašą dar galima rasti ELIP straipsniuose kurie buvo sukurti iki integracijos su COL. T.y. straipsniai kurie daugiausia buvo sukurti dar Gyvosios gamtos enciklopedijoje apie paukščius (sukurta pagal Tarptautinis paukščių gyvenimas - angl. BirdLife International), žydinčiuosius augalus (sukurta pagal Augalų sąrašą - angl. The Plant List (2010).) bei jūrų gyvūnus (sukurta pagal Jūros rūšių pasaulio registrą - angl. WoRMS - World Register of Marine Species.)

    Jau Gyvosios gamtos enciklopedijoje buvo pastebėta, tad kai kuriems taksonams, kurie turi labai daug žemesnių taksonų (vaikų) visus juos išvardinti straipsnyje naudojant šablonus {{Gref}} arba {{Grefv}} neįmanoma, dėl per didelio žemesnių taksonų (vaikų) skaičiaus ir su tuo susijusio ilgo puslapių pasikrovimo ar lūžimo puslapiui pasikraunant. Todėl jau keliant GGE straipsnius į ELIP dalis straipsnių buvo perdaryta, kad pagrindiniame puslapyje būtų rodoma tiktai pirma dalis (kurią sudaro 50 taksonų) sąrašo, o likusios dalys po 50 taksonų kuriamos kaip atskiri straipsniai.

    Tvarkant iš GGE įkeltus straipsnius ir užtikrinant, kad galima būtų parodyti žemesnių taksonų sąrašus dalimis buvo sukurta speciali ELIP DB kurią sudaro iš GGE įkelti taksonai. T.y. straipsniai kurie daugiausia buvo sukurti dar Gyvosios gamtos enciklopedijoje apie paukščius (sukurta pagal Tarptautinis paukščių gyvenimas - angl. BirdLife International), žydinčiuosius augalus (sukurta pagal Augalų sąrašą - angl. The Plant List (2010).) bei jūrų gyvūnus (sukurta pagal Jūros rūšių pasaulio registrą - angl. WoRMS - World Register of Marine Species.) Iš šios specialios ELIP DB buvo traukiama informacija atskiruose straipsniuose, pvz. Kūgeniai ir jiems sukurtuose žemesnių taksonų sąrašų straipsniuose pvz. Kūgeniai/3. Tuose straipsniuose buvo naudojamas šablonas {{gref/all|Conus|genčiai|rūšis|nuo=100|kiek=50}}.

    Pvz.:

    {{header
     | title      = {{Gref|Conus}}
     | author     = {{{contributor|}}}
     | override_author = {{{override_author|}}}
     | translator =
     | section    = '''Rūšių sąrašo {{#expr:{{#titleparts:{{PAGENAME}}|1|2}}+1}} dalis'''
     | previous   = [[{{#titleparts:{{PAGENAME}}|1}}/{{#expr:{{#titleparts:{{PAGENAME}}|1|2}}-1}}|{{#expr:{{#titleparts:{{PAGENAME}}|1|2}}}} dalis]]
     | next       = [[{{#titleparts:{{PAGENAME}}|1}}/{{#expr:{{#titleparts:{{PAGENAME}}|1|2}}+1}}|{{#expr:{{#titleparts:{{PAGENAME}}|1|2}}+2}} dalis]]
     | year       =
     | wikipedia  =
     | notes      =
    }}
    {{gref/all|Conus|genčiai|rūšis|nuo={{#expr:{{#titleparts:{{PAGENAME}}|1|2}}*50}}}}
    
    == Šaltiniai ==
    {{ref}}
    

    Vėliau šablonas {{gref/all}} buvo perdarytas, kad naudotų Lua modulį Gref/all.

    Integruojant su COL straipsniuose sukurtuose pagal COL buvo pradėta naudoti COL DB įkelta į ELIP DB, panaudotas kitas šablonas {{gref/col2013|Uromyces|genčiai|rūšis|nuo=0|kiek=50}} ir išplėstas modulis Gref/all, kad trauktų informaciją tuose straipsniuose tik iš COL DB.

    Integruojant su GBIF buvo pradėta naudoti GBIF DB įkelta į ELIP DB ir išplėstas modulis Gref/all, kad trauktų informaciją tuose straipsniuose kur panaudotas šablonas {{gref/col2013}} ne tik iš COL DB bet ir iš GBIF DB.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 8 d., 15:39

    Problema Nr. 1: Integruojant su ITIS papildomai teks traukti informaciją iš ITIS DB, kuri įkelta į ELIP DB.

    Problema Nr. 2: Integruojant su EOL papildomai teks traukti informaciją naudojant JSONEOL vebo servisų atskirai pagal kiekvieną taksonomiją įjungtą į EOL.

    Bendrai galima bus laikyti kad turime daug taksonominių bazių, todėl parodyti bendrą sąrašą visų žemesnių taksonų tame sąraše juos parodant po vieną kartą nepavyks.

    Todėl greičiausia reikia daryti panašiai kaip ir ištraukiant sinonimus rodant atskirus sąrašus pagal kiekvieną taksonomiją atskirai.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 8 d., 16:57
     

    Ištraukus ir rodant sąrašą žemesnių taksonų yra problema, kad kai kurie žemesni taksonai dėl lotyniškų pavadinimų neunikalumo ELIP gali būti užrašomi su patikslinimais. Tiesiogiai traukiant informaciją iš DB arba EOL vebo servisų nebus gaunami ELIP patikslinti straipsnių pavadinimai su patikslintais lotyniškais pavadinimais, todėl bus formuojamos nuorodos ne į patikslintu lotynišku pavadinimu esantį straipsnį, o į kuri nors kitą ELIP straipsnį.

    Ši problema buvo ir anksčiau integruojant su COL ir GBIF. Šioms dviem taksonomijoms buvo papildomai sukurtos dvi atskiros lentelės, kuriose fiksuotas atitinkamos taksonomijos identifikatorius ir ELIP patikslintas lotyniškas pavadinimas.

    Galima būtų šią problemą spręsti analogiškai įvedant papildomai ITIS ir EOL identifikatorių atitikimų ELIP patikslintiems lotyniškiems pavadinimams lenteles. Tačiau jų visų palaikymas ir koregavimas nėra patogus, nes informacija yra saugoma ne pačiuose straipsniuose.

    Kadangi šiuo atveju nerandamas unikalus ELIP žemesnio taksono straipsnis, todėl į patį žemesnio taksono ELIP straipsnį įrašyti unikalūs COL, GBIF, ITIS ar EOL identifikatoriai negali būti panaudojami.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 11 d., 11:02
     

    Sinonimų ištraukimas

    Iki integracijos su COL straipsniuose buvo naudojamas skyrelis "Sinonimai". T.y. straipsniai kurie daugiausia buvo sukurti dar Gyvosios gamtos enciklopedijoje apie paukščius (sukurta pagal Tarptautinis paukščių gyvenimas - angl. BirdLife International), žydinčiuosius augalus (sukurta pagal Augalų sąrašą - angl. The Plant List (2010).) bei jūrų gyvūnus (sukurta pagal Jūros rūšių pasaulio registrą - angl. WoRMS - World Register of Marine Species.) Tiesiai šiuose straipsniuose buvo įstatyti kiekvienam sinonimui šablonas {{ESinonimas}}.

    Kai buvo pradėta integracija su COL straipsniuose buvo pradėta naudoti lotyniškų sinonimų sąrašus pateikiamus straipsnių info lentelėse. Tada atitinkamai buvo pakoreguota forma Auto taxobox, kad jos pagalba pakoregavus visi šablonai {{ESinonimas}} esantys straipsnyje persikeltų kaip įdėti šablonai į šabloną {{Auto taxobox}} ir tokiu būdu pačiame straipsnyje įrašyti lotyniški sinonimai būtų rodomi straipsnio informacijos lentelėje. Integruojant su COL ir kuriant straipsnius pagal COL buvo pradėta sinonimų sąrašo į pačius straipsnius nebetalpinti. Tada buvo sukurtas modulis GgeSinonimas, kuris iš COL DB įkeltos į ELIP DB pagal atitinkamai surastą COL unikalų identifikatorių įkeltų ir patalpintų į straipsnio informacijos lentelę COL DB fiksuotus lotyniškus sinonimus.

    Kai buvo integruojama GBIF į ELIP lotyniškų sinonimų sąrašai iš GBIF nebuvo atsisiųsti iš GBIF ir nebuvo patalpintas į ELIP DB, todėl jie straipsniuose nebuvo rodomi.

    Dabar buvo pataisytas modulis GgeSinonimas, trauktų ne tik COL fiksuotus lotyniškus sinonimus, bet taip pat ir GBIF bei EOL fiksuotus lotyniškus sinonimus. Kadangi EOL yra įtraukusi informaciją iš ITIS, tai iš ITIS DB įkeltos į ELIP DB fiksuotų lotyniškų pavadinimų sąrašai nėra traukiami. Iš GBIF bei EOL lotyniškų sinonimų sąrašai yra traukiami naudojantis atitinkamais JSON vebo servizais ir moduliu JSON.

    Kadangi ELIP nesukuriamas bendras jungtinis visuose šaltiniuose paminėtų lotyniškų sinonimų sąrašas, todėl informaciją traukiant iš įvairių šaltinių automatiškai gautus sąrašus apjungti į vieną bendrą beveik neįmanoma, todėl COL, GBIF bei EOL fiksuoti lotyniški sinonimai straipsnio informacijos lentelėje parodyti kaip atskiri sąrašai, kuriuose atskiri sinonimai gali dubliuotis.

    Kadangi lotyniškų sinonimų gali būti daug tai pačiame straipsnyje rodoma tiktai pirmieji 50 sinonimų, o kiti rodomi papildomuose sinonimų sąrašų straipsniuose, pvz. Rūdelė (grybas)/sinonimai/2, kuriuose taip pat parodoma po 50 sekančių sinonimų.

    Tokiuose papildomuose sinonimų straipsniuose paprastai įrašomas tekstas:

    {{header
     | title      = {{Gref|Uromyces}}
     | author     = {{{contributor|}}}
     | override_author = {{{override_author|}}}
     | translator =
     | section    = '''Sinonimų sąrašo {{#expr:{{#titleparts:{{PAGENAME}}|1|3}}+1}} dalis'''
     | previous   = [[{{#titleparts:{{PAGENAME}}|1}}/sinonimai/{{#expr:{{#titleparts:{{PAGENAME}}|1|3}}-1}}|{{#expr:{{#titleparts:{{PAGENAME}}|1|3}}}} dalis]]
     | next       = [[{{#titleparts:{{PAGENAME}}|1}}/sinonimai/{{#expr:{{#titleparts:{{PAGENAME}}|1|3}}+1}}|{{#expr:{{#titleparts:{{PAGENAME}}|1|3}}+2}} dalis]]
     | year       =
     | wikipedia  =
     | notes      =
    }}
    {{div col|2}}
    {{#invoke:GgeSinonimas | ssin |la=Uromyces|nuo={{#expr:{{#titleparts:{{PAGENAME}}|1|3}}*50}}|kiek=50|next={{#titleparts:{{PAGENAME}}|1}}/sinonimai/{{#expr:{{#titleparts:{{PAGENAME}}|1|3}}+1}}}}
    {{div col end}}
    
    == Šaltiniai ==
    {{ref}}
    

    Pirmam ir paskutiniam sinonimų sąrašo straipsniui paprastai šiame tekste reikia pakoreguoti atitinkamą previous arba/ir next eilutes, o taip pat visuose tokiuose kuriamuose straipsniuose reikia pakeisti lotynišką pavadinimą į atitinkamą.

    Jei lotyniškų sinonimų atitinkamoje dalyje netilpo visi sinonimai tai ta dalis baigiasi nuoroda į sekantį sinonimų sąrašo straipsnį. Jei tos sekantis sinonimų straipsnis dar nesukurtas tai straipsnis yra priskiriamas kategorijai Kategorija:Nesukurtas puslapis daugiau sinonimų‎.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 8 d., 14:39

    Problema: Traukiant iš EOL bendrą sinonimų sąrašą šiuo metu dažnai gaunama tų pačių pasikartojančių sinonimų. Žr. Kūgeniai. Problema gali būti, kad panaudojau EOL bendrą sinonimų sąrašą, o ne atskirų taksonominių sistemų integruotų į EOL sinonimų sąrašus. Apie tai užklausiau EOL forume.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 8 d., 15:24

    Šią unikalumo problemą sprendžiau. Tačiau pasirodo problema, yra tai, kad pogenčių lotyniški pavadinimai užrašomi rašant genties pavadinimą ir po jo skliaustuose pogenčio pavadinimą. Tokie pogenčių pavadinimai yra pateikiami kai kurių į EOL integruotų taksonomijų. Šio varianto nenumačiau tiesiogiai skaidydamas sinonimo pavadinimą EOL pateikiamą bendra simbolių eilute kartu su autoriais ir pavadinimo sukūrimo metais.

    Vpovilaitis (Vitas Povilaitis) Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 8 d., 20:12

    Sinonimų pavadinimų skaidymui reikia panaudoti GBIF pateikiamą lotyniškų pavadinimų skaidymui skirtą web servisą http://www.gbif.org/developer/species kurį teksx panaudoti kiekvienam iš EOL ištraukiamam sinonimui.

    Vpovilaitis (Vitas Povilaitis) Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 8 d., 20:44

    Reikia panagrinėti gal pavyks MediaWiki papildomą priemonę External Data pritaikyti, JSON vebo servizų iškvietimui ne tik GET režimu bet ir POST rėžimu, tuomet, galima bus ištraukus iš EOL sąrašą sinonimų vienu kreipiniu iš GBIF ištraukti juos suskaidytus į Lotynišką pavadinimą, autorius ir sukūrimo metus.

    Vpovilaitis (Vitas Povilaitis) Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 8 d., 21:11
     

    Šią problemą išsprendžiau. Sprendime panaudojau papildomą skaidymą. GBIF teikiamo vardų skaidymo POST rėžimu, kurio šiuo metu pasinaudoti negalima nenaudojau, tuo labiau kad GBIF skaidymas taip pat turi trūkumų.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 11 d., 10:36
     

    Kartais kaip pasirodė straipsniui Kūgeniai unikalus EOL identifikatorius gali būti automatiškai blogai ištrauktas, galimai dėl klaidų EOL.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 11 d., 10:32
     

    Problema: Traukiant iš EOL bendrame sinonimų sąraše kiekvienas sinonimas pateikiamas bendroje simbolių eilutėje kartu su pavadinimo autoriumi ar autoriais ir jo sukūrimo metais. Pavyko automatiškai tą eilutę padalinti į dvi dalis: lotynišką pavadinimą ir likusį tekstą, šiuo metu nėra išskiriami pavadinimo sukūrimo metai.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 8 d., 15:49

    Dalinimui galima panaudoti GBIF atitinkamą vebo servizą, tačiau jis pagal Enciklopedija:Naujas funkcionalumas (ryšys su JSON vebo servisais) 5 pvz. taip pat galima pastebėti ne visada suveikia - autorių nesugeba išskirti.

    Vpovilaitis (Vitas Povilaitis) Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 9 d., 19:54
     

    Patobulintas modulis, kad geriau skaidytų.

    Vpovilaitis (Vitas Povilaitis) Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 9 d., 20:51
     
     

    Vaizdai sukaupti EOL

    EOL vebo servisai leidžia gauti EOL sukauptas pagal CC-by-SA arba GNU licencijas vaizdų internetines nuorodas gautas iš įvairių šaltinių. Todėl galima būtų tuos vaizdus tiesiogiai panaudoti ir ELIP ypač tuose straipsniuose, kurie dabar neturi iliustracijų.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 8 d., 17:24

    Literatūros sąrašo ištraukimas

    Nuo integracijos su COL straipsnių skyreliuose "Literatūra" buvo pradėtas naudoti šablonas {{refCOL2013|la=Uromyces verruculosus}}. Šis šablonas naudojo modulį TaxLine, kuris traukė literatūros sąrašą tik iš COL DB patalpintos į ELIP DB. Kai buvo integruojama GBIF į ELIP literatūros sąrašai nebuvo atsisiųsti iš GBIF ir nebuvo patalpintas į ELIP DB, todėl skyreliai "Literatūra" nebuvo papildyti literatūros sąrašais iš GBIF.

    Pataisytas modulis TaxLine, kad literatūros sąrašus taip pat trauktų iš ITIS DB patalpintos į ELIP DB bei, naudojantis atitinkamais JSON vebo servizais ir moduliu JSON, iš GBIF bei EOL. Visus keturis literatūros sąrašus straipsniuose parodo kaip atskirus poskyrius. Jei kuris nors iš COL, ITIS, GBIF ar EOL neturi literatūros sąrašo, tai ir atitinkamas poskyris nerodomas.

    Kad ištraukti COL, ITIS, GBIF ar EOL literatūros sąrašą pirmiausia surandamas vienintelis atitinkamas identifikatorius, jei jis nenurodytas pačiame puslapyje, analogiškai kaip "Trumpos nuorodos į taksonominius medžius". Neradus vienintelio atitinkamo identifikatoriaus atitinkamas poskyris taip pat nerodomas ir jis gali būti parodytas šablone {{Auto taxobox}} nurodžius konkretų atitinkamą identifikatorių.

    Pastaba: Anksčiau sukurtuose straipsniuose nei pradėta kurti straipsniai pagal COL skyreliuose "Literatūra" šablonas {{refCOL2013|la=Uromyces verruculosus}} nebuvo naudojamas. T.y. straipsniai kurie daugiausia buvo sukurti dar Gyvosios gamtos enciklopedijoje apie paukščius (sukurta pagal Tarptautinis paukščių gyvenimas - angl. BirdLife International), žydinčiuosius augalus (sukurta pagal Augalų sąrašą - angl. The Plant List (2010).) bei jūrų gyvūnus (sukurta pagal Jūros rūšių pasaulio registrą - angl. WoRMS - World Register of Marine Species.) Tiesiai šiuose straipsniuose buvo įstatyta literatūros sąrašai gauti iš minėtų atitinkamų šaltinių. Tam kad juos papildyti COL, ITIS, GBIF ir EOL turimais literatūros sąrašais užtenka skyreliuose "Literatūra" įstatyti šabloną {{refCOL2013|la=Uromyces verruculosus}} nurodant atitinkamą lotynišką pavadinimą.

    Problema: Iš įvairių šaltinių COL, ITIS, GBIF ir EOL gaunami literatūros sąrašai gali turėti įtrauktus tuos pačius literatūros egzempliorius, todėl jie ELIP straipsnyje gali dubliuotis. Automatiškai nustatyti besidubliuojančius literatūros sąrašų elementus praktiškai neimanoma, todėl ateityje reikėtų planuoti tuos literatūros sąrašus įterpti tiesiai į pačius straipsnius, kad juos būtų galima rankiniu būdu koreguoti pašalinant besidubliuojančius literatūros šaltinius. Aišku įstačius literatūros sąrašus iš COL, ITIS, GBIF ir EOL tiesiai į straipsnius jie iš tų šaltinių automatiškai neatsinaujins tuose šaltiniuose informacijos padaugėjus.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 8 d., 13:15

    Trumpos nuorodos į taksonominius medžius

    Trumpos nuorodos į taksonominius medžius.

    Papildytas trumpų nuorodų, kurios rodomos kiekviename taksono aprašymo puslapio informacinės lentelės apačioje, formavimo modulis TaxLine.

    ITIS[taisyti]

    Į modulį TaxLine įtrauktas kodas, kad kuriant trumpas nuorodas į taksonominius medžius iš ITIS duomenų bazės, kuri buvo atsisiųsta ir patalpinta į ELIP DB, pagal nurodytą lotynišką taksono pavadinimą surastų ITIS identifikatorių ir suformuotų trumpą nuorodą į ITIS taksomominį medį paveikslėlyje (ITIS 555708). Taip pat suformuojamos trumpos nuorodos į ITIS Kanados svetainę (CBIF 555708) ir į ITIS GBIF svetainę (ITIS-GBIF 555708).

    Jei ITIS duomenų bazėje lotyniško pavadinimo nerandama arba buvo rasti keli ITIS identifikatoriai tuomet trumpos nuorodos į ITIS svetaines neformuojamos.

    Jei nebuvo rastas vienintelis ITIS identifikatorius ir išsiaiškinus tikrą ITIS taksono identifikatorių jis gali būti nurodytas pačiame straipsnyje šablone {{Auto taxobox|itisid=5559|cbifid=5559}}.

    EOL[taisyti]

    Į modulį TaxLine įtrauktas kodas, kad kuriant trumpas nuorodas į taksonominius medžius iš EOL pasinaudojant JSON pagal nurodytą lotynišką taksono pavadinimą surastų EOP identifikatorių ir suformuotų trumpą nuorodą į EOL taksomominį medį paveikslėlyje (EOL 5559).

    Jei EOL lotyniško pavadinimo nerandama, tai trumpa nuoroda į EOL neformuojama. Jei EOL pagal lotynišką pavadinimą bus rasti keli EOL identifikatoriai tai jie visi bus parodyti atskirose eilutėse po pačio identifikatoriaus parašant "???".

    EOL lotyniškas pavadinimas gali būti nerastas ir ne tik todėl, kad jo nėra EOL taksonominiame medyje, bet todėl kad ELIP straipsnyje lotyniškas pavadinimas dėl kažkurių priežasčių nurodytas kitas. Pavyzdžiui jei norint užtikrinti ELIP registruotų lotyniškų pavadinimų unikalumą jis buvo papildytas skliaustais kuriuose nurodytas aukštesnis taksonas.

    Jei nebuvo rastas EOL identifikatorius arba buvo automatiškai rasti keli EOL identifikatoriai ir išsiaiškinus tikrą EOL taksono identifikatorių jis gali būti nurodytas pačiame straipsnyje šablone {{Auto taxobox|eolid=5559}}.

    GBIF[taisyti]

    Jau integruojant ELIP su GBIF į minėtą modulį buvo įtrauktas kodas, kad suformuoti trumpas nuorodas į GBIF (GBIF data 5 ir GBIF www 5).

    Nuoroda su GBIF identifikatoriumi suformuojama tuo atveju, kai pagal lotynišką pavadinimą GBIF DB esančioje ELIP DB randamas vienintelis GBIF identifikatorius. Neradus vienintelio GBIF identifikatoriaus vietoje jų visada formuojamos trumpos nuorodos į GBIF paieškos sistemą ieškant atitinkamo lotyniško pavadinimo (GBIF data ??? ir GBIF www ???).

    Jei nebuvo rastas vienintelis GBIF identifikatorius ir išsiaiškinus tikrą GBIF taksono identifikatorių jis gali būti nurodytas pačiame straipsnyje šablone {{Auto taxobox|gbifid=5559}}.

    COL[taisyti]

    Jau integruojant ELIP su COL į minėtą modulį buvo įtrauktas kodas, kad suformuoti trumpas nuorodas į COL (COL2013: 13021510).

    Nuoroda su COL identifikatoriumi suformuojama tuo atveju, kai pagal lotynišką pavadinimą COL DB, esančioje ELIP DB, randamas vienintelis COL identifikatorius. Neradus vienintelio COL identifikatoriaus trumpa nuoroda neformuojama.

    Jei nebuvo rastas vienintelis COL identifikatorius ir išsiaiškinus tikrą COL taksono identifikatorių jis gali būti nurodytas pačiame straipsnyje šablone {{Auto taxobox|colid=13021510}}.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 8 d., 12:27

    Sąrašas taksonominių medžių, kuriuos jungia Gyvybės enciklopedija.

    Sukurtas modulis JSON/EOL, kuris ištraukia sąrašą taksonominių medžių, kuriuos jungia Gyvybės enciklopedija. Šis modulis dinamiškai traukia iš EOL tą sąrašą ir jį papildo pačiame straipsnyje Gyvybės enciklopedija įrašytu JSON - kuriame išvardijami atitinkamų taksonominių medžių lietuviški pavadinimai.

    Vitas Povilaitis Aptarimas Indėlis2014 m. rugpjūčio 8 d., 11:34